Hombu Dojo a fost construit în 1931 de către Fondatorul Aikido, O’Sensei Morihei Ueshiba, fiind la acea vreme o construcţie de lemn cu un dojo de 120 mp, ce purta denumirea de Kobukan. În 1967 structura originală de lemn a fost înlocuită cu una din beton. Apoi, în 1973 a fost din nou modernizată prin adăugarea a încă două etaje, astfel că în prezent Aikikai Hombu Dojo adăposteşte 3 dojouri, cel principal având o suprafaţă de 220 de mp. La Hombu Dojo predau peste 30 de instructori, fiind organizate cursuri în toate cele 7 zile ale săptămânii pentru membrii Aikikai.
În lume Hombu Dojo este reprezentat în 130 de ţări prin organizaţii naţionale de Aikido.
În Aikido, gradele centurilor negre (yudansha) sunt acordate de către Aikikai Hombu Dojo, diploma purtând semnătura lui Doshu, examinarea fiind făcută de instructorii delegaţi ai Aikikai.